臨床統計農莊

  當匯入的資料格式並非分析時所需的格式時，就需要事先進行轉換。   舉個最常見的例子，在資料處理時常常會遇到日期資料以為文字格式做儲存，如下圖所示，生日的部分為文字格式並非日期格式，分析上往往需要的是年齡變項，必須透過生日計算年齡。但是當 Birthday 變項為文字格式時，在計算上就會遇到困難，必須優先進行格式轉換的處理。 以下的操作就以生日欄位為例進行格式轉換。 以 SAS 進行日期格式轉換 基礎版，用 substr 做擷取 data id_date; set id; Birth_date=mdy(substr(Birthday, 5 , 2 ),substr(Birthday, 7 , 2 ),substr(Birthday, 1 , 4 )) ; format Birth_date yymmdd10. ; run ;   進階版，用 input 直接轉換 data id_date; set id; Birth_date=input(Birthday, yymmdd8. ) ; format Birth_date yymmdd10. ; run ;   以 Python 進行日期格式轉換 id_list["Birth_date"] = pandas.to_datetime(id_list["Birthday"], format = '%Y%m%d') #format之後設定日期格式 當然，實務上會遇到需要轉換成不同形式的日期格式，並不會種是這麼單純，因此以下彙整 SAS 與 python 日期格式的表示。   Python 程式 年 %Y 4 位數的年 %y 2 位數的年 月 %m 2 位數的月 [01,12] %b 英文月份簡寫 %B 英文月份完整寫法 日 %d 2 位數的日 ...

這次我們使用的資料為COVID-19，資料是由約翰·霍普金斯大學(Johns Hopkins University)系統科學與工程中心（JHU CCSE）收集的，自2020年1月22日以來的（COVID-19）流行病學數據。 運用此數據實作COVID-19的地圖展示。 資料來源： https://data.humdata.org/dataset/novel-coronavirus-2019-ncov-cases 先至網頁處，下載資料檔，我們使用 time_series_covid19_confirmed_global.csv 檔案，在此資料集中還有死亡數及復原的個案數等資料，可依自己感興趣的檔案下載嘗試繪製。 Step1 ： 修正欄位屬性與名稱 。先將 Province/State( 地區 ) 、 Country/Region( 國家 ) 、 Lat( 緯度 ) 、 Long( 經度 ) ，皆設定為地理角色 (GeoCoding) 。 Step2 ： 將階層變項 Country/Region & Province/State 拖曳至工作表畫布中 。在【欄】與【列】中會自動產生經緯度，地圖也會自動顯現，也可在【標記】工作表上看見階層符號顯現。 備註：此檔案已自動生成階層概念，固可直接套用，一般資料並無此設定，需手動設定為階層方可使用。 Step3 ： 將最後一天的日期 8/30/20 拖曳至【標記】中的【大小】 日期 8/30/20 中的格式內建為 SUM 總數，代表累積至這天的患病總數量。這時可將游標指向任一國家，會同時顯現出國家名稱及個案數。 另一種作法如下： Step1 ： 將 Lat( 緯度 ) 放入【欄】、 Long( 經度 ) 放入【列】。 這裡必須將 Lat( 緯度 ) Long( 經度 ) 兩欄位屬性 設定為維度概念 ，內建為度量概念，因經緯度維數值呈現，故資料會內定為度量，因此需手動修改為維度。 Step2 ： 將最後一天的日期 8/30/20 拖曳至【標記】中的【大小】。 現在我們學會兩種方式畫地圖，地圖強調的經緯度，因此若無經緯度需花時間整理資料檔建置欄位才能進行繪圖，一般而言若只是簡單的縣市位置則不用設置階層概念而製圖，因我們的資料屬全球屬性若設定階層概念可呈現的較完整，當然第二種做法較直觀，直接放入經緯度也是很方便...

當資料歸戶需要加總多筆數值或累計次數成為一筆資料時就會需要用到累加的處理。   我們在做資料處理時，經常拿到的資料並非整理完成可直接進行統計分析的檔案。資料的呈現可能是個流水帳的方式，也就是同一個 ID 或是歸戶編號會有多筆資料，而在分析上我們需要將資料整合成 1 筆，才能進行後續的處理。 ²   情境 1 ：就診次數 每次的就診紀錄就是 1 筆資料，但每個人可能會有不只一次的就診紀錄，如果我們需要分析每個人的平均就診紀錄時，就會需要累計這段時間的就診次數。   ²   情境 2 ：每月支出 另一個簡單好理解的範例是計算每個月的花費支出，每個月都有多次的消費支出紀錄，那如果需要知道每個月支出的總金額，就需要以月為歸戶單位，加總該月的花費。   以簡單例子進行操作 延續之前的資料，以手上這份滿意度調查問卷來操作，累計每個人填答的次數。 在進行累計的操作前必須十分清楚資料需要歸戶的單位。以 情境 1 來說，歸戶的單位是人；情境 2 歸戶的單位是月份。   以 SAS 進行資料累計 proc sort data= y_2019; by id Q_date; run; /*依照ID 跟填寫日期做排序*/ data test; set y_2019; by id Q_date; if first.id then count=0; /*這邊會用到if…then的概念*/ count+1; if last.id; /*保留最後1筆ID的資料*/ keep id count; run; 這邊會需要用到排序的語法，在歸戶之前需要 依照歸戶的單位進行排序 。爾後 使用 if … then 的概念進行累計 ，這部分可理解為，依照 ID 排序後，遇到每個不同 ID 的第一筆資料， count 這個變項的數值就歸零，從新開始累計，每遇到相同的 ID 就加 1 。最後 歸人，保留每個人最後 1 筆的資料 。 執行完成後就可以得到每個人問卷填寫的次數。   以 Python 進行資料累計 y_2019["count"]= y_2019['ID'].groupby(y_2019["ID"]).cumc...

  初步檢索心中的愛 當然先要確定題目是否被捷足先登，這時候可以直接在 Cochrane Library 或 PudMed 上直接搜尋，若偵蒐尋到想做的題目也不要氣餒，思考文章中是否還有遺漏了甚麼或是再增加哪方面的資料，就可以更完整，可嘗試轉個彎註冊試試。 什麼是 The Cochrane?? 於 1992 年在英國成立，原本名稱為考科藍合作組織 (Cochrane Collaboration) ， 2015 年考科藍合作組織正式更名為 " 考科藍 (The Cochrane)" ， The Cochrane Library 是由評論小組蒐集、彙整、 評審關於醫療保健相關資料而發表的實證資料庫，對其感興趣的消費者、臨床醫師、政策制定者、研究人員、教育人員、學生和其他人士皆可使用。全球擁有 14 個區域中心及超過 26 個國家或地區分支中心，台灣在 2015 年正式成為官方認可的單位，除了英文的官網外，也可從 台灣的官網 進入獲取資訊。 步驟流程 Step 1 ：檢索主題 進入 Cochrane.org 首頁後點選 Cochrane Library à 進一步點選 Advanced search ，即可輸入關鍵字查詢。 Step 2 ：找尋 Cochrane Review Groups 在首頁點選 About 選擇 Cochrane Review Groups. Step 3 ：點選適合主題的組別 確認自己的題目適合哪一組，每組分別有次組別，選擇次組別後進入。 Step 4 ：找尋聯絡信箱 進入次組別後，點選 Contact ，這時候就可以看見 email 信箱。 Step 5 ：寄信至信箱 信件內容可先簡短說明 protocol ，等對方回信後，確認此主題可註冊，會寄正式表格。 Step6 ： 等待回應 屆時填答完正式表格，寄回等待審查，至少 2 周，但會依主題不同時間略有不同。   以上完成後，就是勞心勞力的開始了，不管是要做 Systematic Reviews 或 Meta analysis 皆建議可先註冊，若註冊完要對得起自己的研究道德，註冊卻不完成研究，會讓對方對這個國家的申請者有不好印象，對未來想做這方面研究的人不易申請通過，請為自己及別人留個善意，也預祝大家旗開得勝。

初步檢索心中的愛 當心目中有一個理想題目時，為避免地球上另一個人也同時跟你想的一樣，而且還比我們早發表，若等我們發表時才發現，當下一定很扼腕，有了註冊系統除了幫自己先占好位子，也可以同時確認這個題目是否已經有人正在做了，不用浪費時間投注在上面。很多人其實不曉得實際上到底要如何註冊，以下一起註冊吧。 什麼是 PROSPERO??   PROSPERO (International prospective register of systematic reviews) 是一個國際前瞻性系統性文獻回顧評價系統，由美國國立衛生研究院 NIHR （ National Institute for Health Research ）資助，由英國約克大學 CRD(Centre of Reviews and Dissemination) 創立，針對將已完成的評價或正進行中的計畫做紀錄。 目的：避免重複並減少報告偏見的機會，增加透明性。                 步驟流程 Step 1 ：檢索主題 先確認其他人是否對這主題感興趣，有人捷足先登了嗎 ?? 也可以確認目前流行的趨勢是哪類型的研究等。 Step 2 ：註冊帳號 ID 先到 PROSPERO 官網 ，填寫基本資料後註冊 ID 。 Step 3 ：點選註冊文獻 review 要需先有帳號後才能註冊題目，進入頁面後依指示一步一步操作。 以下是網頁步驟，依研究對象是人群還是動物選擇按鈕點選，一般我們都是人群研究，選紫色。同時須確認以下五步驟是否都經過檢驗了。 第 1 步 檢查納入標準。 第 2 步 確保您的 protocol 處於（接近）最終形式。 第 3 步 搜尋 PROSPERO ，以確保評論尚未被註冊。 第 4 步 搜尋 PROSPERO ，以確保您沒有不必要地重複由另一個團隊進行的審核或先前已註冊的審核 第 5 步 開始註冊 Step 4 ：點選相關事前準備工作進度。 這裡有一系列問題須皆回答完，才能進行下一步...